点击查看上期文章：ClinGen序列变异判读工作组对ACMG/AMP框架的修改建议。

以下为ACMG指南标准制定工作组的专家们在同期杂志上做出了回应：

美国医学遗传学与基因组学学会和分子病理学协会(ACMG/AMP)2015年序列判读工作组(ISV WG)感谢有此机会对ClinGen序列变异判读工作组进行回复。我们赞扬该专家工作组为完善2015年ISV建议中阐述的原始标准所做出的严谨而不懈的努力。我们同时也感激和重视许多对原始版本建议进行修改的发表刊物。ISV WG还没有机会全面彻底的评估任何改动性的建议对总体评分系统的影响，包括刚刚发表的关于删除支持级别的有可靠信誉来源的标准（PP5和BP6）的建议。因此目前我们对这些建议持有保留态度。

ACMG/AMPISV WG同意原始数据比无法获得原始数据的专家意见更可取这个观点。实验室可能选择通过查阅ClinVar或其他数据库，来确定他们的同行是如何对一个变异进行分类的，尽管这本身也并不能决定分类。虽然在ClinVar中, 已报道的81%的变异是有证据支持的，但是仍有相当数量的变异（19%）没有原始数据证据，该标准（PP5和BP6）对于这部分数据是仍然适用的。在我们的委员会能够评估移除部分标准之前，我们必须先明确该移除可能会如何影响当前的评分系统，而此评分系统是利用一套统一的标准来形成证据的。所以，提供数据表明这两个证据标准的使用，实际上会导致变异分类的错误，是很重要的。我们假设，仅作为支持证据的PP5和BP6标准被移除，不会影响变异的分类（也就是存在很多强的证据）。然而，具有支持该观点的数据将更有说服力。

通常情况，除非有必须迅速解决的紧急问题，所有的ACMG出版的刊物文件每5年进行一次文件审查。 在这种情况下，由参与的组织“董事会”（ACMG和AMP）批准对原始文件进行修订，可以更迅速地处理所需的变更。这样的文件一旦制成，其宗旨在于为基因组水平发生的序列变异判读提供完整的和综合性的程序，用于解释在文献中发表的基因序列变异是真正的致病原因。因此，ISV WG不希望在未对整个判读系统的影响进行谨慎综合评估的情况下，而只对指南中的个别标准进行修改。由于基因检测领域正在迅速成长和发展, ACMG有必要再次召集 ISV WG——可以直接与ClinGen序列变异判读工作组合作——与该领域的其他专家在未来几年内共同创建一个备忘录，甚至修改当前的指南。与此同时，ISV WG将与ACMG以及AMP合作，在年会期间或其他场合提供额外的教育专场，从而对指南中提及的特定领域临床实验人员进行提升调整，该特定领域可能对变异判读需要新的方法。最后，我们工作组完全赞同ClinGen来信中所述观点，即对变异的判读是临床实验室主任的责任。因此，我们鼓励实验室主任们慎重思考和评估这些讨论。

编后语：所以看来在变异致病性判读时，分别来自ClinGen 和 ACMG的专家工作组对于ACMG2015指南中的标准PP6，BP5的应用情景场景和存在的必要性产生了小小的分歧。目前就是否继续使用这个标准，答案还不确定。建议大家在使用的时候还是要小心谨慎，加以考虑。